环境工程系主要承担环境工程专业（四年制，环境工程学士）和环境生态工程（四年制，环境生态工程学士）本科教学、环境科学与工程专业（学术型）、资源与环境（专业型）硕士研究生培养以及环境科学与工程领域的科学研究、社会服务等工作，兼顾环境科学与工程类课程的教学工作。

环境工程专业创办于2000年，2001年正式招生，现为安徽省重点学科、国家一流本科专业建设点，2001年通过国家工程教育认证。环境生态工程专业创办于2015年，2015年正式招生。两个本科专业相互支撑，相互促进，2017年获得环境科学与工程一级学科硕士授权点，2019年获批建设环境污染控制与废弃物资源化利用安徽省重点实验室，2022年通过安徽省科技厅验收并获得优秀。

环境工程专业开设的主要课程有：环境工程原理、环境工程微生物学、环境监测、水污染控制工程、大气污染控制工程、固体废物控制工程、物理污染控制工程、环境规划与管理、环境影响评价、环境工程CAD等。

环境生态工程专业开设的课程有：环境生态学、地理信息系统概论、遥感原理与应用、环境生态监测、环境生物学、生态规划与设计、生态工程、恢复生态工程学、水污染控制工程、环境生物修复技术、环境生态工程CAD等。

环境工程和环境生态工程两个专业面向国际学科发展前沿，面向碳达峰和碳中和时代背景，立足于本区域，以环境科学与工程类人才培养为专业发展核心的定位，立足“专业学科”与“多学科交叉”双重视野、拓展“地域化创新课程教学体系+地域化创新教学实践体系”互动协同，在教学组织、科研工作、学术研究、国际交流和设计实践中持续取得较为突出的成绩，所培养的学生的质量享誉省内外，为国家和地方生态环境保护与发展做出突出贡献。

现任系主任李卫华，系副主任潘法康、陈冰宇。