建筑环境与热能工程系主要承担建筑环境与能源应用工程（四年制，工学学士）和能源与动力工程专业（四年制，工学学士）本科教学、供热、供燃气、通风及空调工程专业（学术型）、建筑与土木工程（专业型）硕士研究生培养以及建筑环境与能源动力领域的科学研究、社会服务等工作。

建筑环境与能源应用工程专业创办于1992年，1992年开始首届供热、通风与空调工程专业（高等专科）招生。2000年开始建筑环境与设备工程专业本科招生。2003年增设城市燃气方向，成为我省唯一一所设立燃气方向的高校。2008年获批安徽省首批省级特色专业建设点。2009年通过住建部高等教育专业评估，并于2014年和2019年分别通过住建部专业教育复评估。2009年获得供热、供燃气、通风与空调工程学科硕士学位授予权。2013年入选省级卓越工程师计划。2016年获省级综合改革试点。2017年获批省级品牌专业建设点。2019年获批首批国家级一流专业建设点。2021年专业所在一级学科土木工程获批博士学位授权点。

能源与动力工程专业创办于2010年，2011年开始招生。2013年获省级综合改革试点。2018年入选卓越工程计划。2019年获批燃气锅炉国家级虚拟仿真实验教学项目(中心)；同年通过安徽省能源动力与电气类专业合作委员会专业评估，获优秀等级。2020年获批国家级一流专业建设点。

建筑环境与能源应用工程专业开设的主要课程有：工程热力学、传热学、流体力学、建筑环境学、供热工程、空调工程、通风工程、空调用制冷技术、燃气输配、流体输配管网、热质交换原理与设备等。

能源与动力工程专业开设的主要课程有：工程热力学、传热学、流体力学、燃料及燃烧学、锅炉原理与设备、热力发电厂、制冷与低温原理、低温工艺与装置、换热器原理与设计、动力循环理论及技术等。

建筑环境与能源应用工程、能源与动力工程两个专业面向国际学科发展前沿，紧密围绕“碳达峰、碳中和”国家战略，依托学校“大土建”的相对学科优势，立足安徽，面向全国，以建筑环境与能源应用工程和能源与动力工程应用型人才培养为专业发展核心定位，推进“专业学科”与“多学科交叉”融合发展，在教学组织、科研工作、学术研究、国际交流和设计实践中持续取得较为突出的成绩，所培养的学生的质量享誉省内外，为国家和地方城乡建设发展做出突出贡献。

现任系主任胡浩威，系副主任丁超、水滔滔。